В 1984 году успешно сдал вступительные экзамены и был зачислен на первый курс лечебного факультета 2-го Московского Ордена Ленина Государственного Медицинского института имени Н.И. Пирогова. Сразу после службы и увольнения в запас в октябре 1986г. продолжил учебу во 2-м МОЛГМИ. За годы учебы в медицинском ВУЗе проявил особый интерес к изучению нормальной и патологической анатомии, фармакологии, хирургии, акушерства и гинекологии. С 1988 по 1992 года работал дежурным медбратом 3-го хирургического (гнойной хирургии) отделения ГКБ № 13 г. Москва, где впервые познакомился со спецификой ухода за пациентами колопроктологического профиля. Первичную специализацию – субординатуру (в настоящее время упразднена) на последнем курсе теперь уже Российского Государственного Медицинского Университета им Н.И. Пирогова (в 1991-1992 гг.) проходил на Кафедре Хирургии профессора Буянова Валентина Михайловича в Отделении Колопроктологии Медико-Санитарной Части «ЗИЛ». Тогда же начал принимать участие в операциях и самостоятельно оперировать под руководством опытных наставников. Первые в своей жизни операции по поводу геморроя, анальной трещины, копчикового хода доктор Волков выполнил будучи студентом 6-го курса медицинского ВУЗа
После успешной сдачи государственных экзаменов, в августе 1992 года Михаил Владимирович поступил на службу в НИИ Проктологии МЗ РФ на должность врача-хирурга отделения хирургии ободочной кишки под руководством профессора Саламова Каурбека Николаевича. Именно службе в ведущем проктологическом учреждении России, возможностью общения с классиками отечественной Колопроктологии, доктор Волков обязан формированию четких, строгих и систематизированных взглядов на принципы диагностики и лечения а также бесценным опытом «секретов» и тонкостей техники выполнения различных операций. Это то, о чем не может быть написано ни в одном учебнике и называется емким понятием «школа».
С сентября 1993 по август 1995 Михаил Владимирович прошел обучение в клинической ординатуре по специальности «хирургия-проктология» на базе НИИ Проктологии МЗ РФ, после окончания которой стал научным сотрудником отделения хирургии общей проктологии (руководители - профессор Никитин Александр Максимович, д.м.н. Кузьминов А.М.) ГНЦ Колопроктологии МЗ РФ (директор - академик РАМН, профессор Воробьев Геннадий Иванович).